Η ερευνητική δραστηριότητα της Σμαραγδής Αντωνοπούλου εμπίπτει στο γνωστικό αντικείμενο της Βιοχημείας κυρίως των λιποειδών με εφαρμογές και στη διατροφή του ανθρώπου. Κεντρικό ρόλο στην παραπάνω έρευνα των λιποειδών αποτελεί η διερεύνηση του μηχανισμού δράσης του Παράγοντα Ενεργοποίησης Αιμοπεταλίων (PAF) σε φυσιολογικές και παθολογικές καταστάσεις καθώς και σε κλινικές μελέτες χορήγησης αναστολέων αυτού. Τα τελευταία έτη, η αναζήτηση ειδικών αναστολέων του PAF επικεντρώνεται σε υποπροϊόντα της βιομηχανίας τροφίμων καθώς και στην ανάπτυξη καινοτόμων/λειτουργικών τροφίμων.