Ο Βάϊος Καραθάνος είναι μέλος ΔΕΠ στο Χαροκόπειο Πανεπιστήμιο από το 2004. Διδάσκει προπτυχιακά μαθήματα σχετικά με τα Τρόφιμα (Χημεία Τροφίμων, Φυσικοχημεία Τροφίμων), κεφάλαια της Φυσικής (Θερμοδυναμική) και μεταπτυχιακά μαθήματα σε άλλα ΑΕΙ. Έχει συνεργασθεί επί δεκαετία (1990-2000) με τη Βιομηχανία Τροφίμων στην Ελλάδα και τις ΗΠΑ. Η τρέχουσα έρευνά του επικεντρώνεται στο σχεδιασμό διεργασιών τροφίμων (ξήρανση με αέρα, ξήρανση με κατάψυξη, εκβολή, μελέτη διεργασιών ρόφησης και διάχυσης σε τρόφιμα), τις φυσικές ιδιότητες τροφίμων, την ενθυλάκωση μικροσυστατικών σε βιοπολυμερή και τη διατροφική αξιολόγηση διαφόρων φρούτων και προϊόντων αμύλου. Αφιέρωσε μεγάλο μέρος της έρευνάς του στην μελέτη της Κορινθιακής σταφίδας, των οσπρίων και του ρυζιού, βασικών εξαγώγιμων ελληνικών προϊόντων. Η έρευνά του χρηματοδοτήθηκε από εθνικά και ευρωπαϊκά έργα και τη βιομηχανία. Επέβλεψε, ως βασικός ερευνητής, πάνω από 30 μεγάλα έργα στη βιομηχανία και στο Πανεπιστήμιο με προϋπολογισμό άνω των 8 Μ€. Έχει επιβλέψει 7 ολοκληρωθείσες διδακτορικές διατριβές στο Χαροκόπειο Πανεπιστήμιο και συνέβαλε στην ολοκλήρωση άλλων 4.