Η μελέτη του εντερικού μικροβιόκοσμου (ΕΜ) και των παραγόντων που τον επηρεάζουν σε καταστάσεις υγείας αλλά και ασθένειας. Η επίδραση του ΕΜ και των μεταβολιτών του στην ακεραιότητα του εντερικού φραγμού. Επίσης, η μελέτη των μικροβιακών διεργασιών που παίρνουν μέρος για τη διάσπαση στερεών οργανικών υπολειμμάτων σε αερόβιες (κόμποστ) αλλά και σε αναερόβιες συνθήκες, μέσα από τη χρήση καλλιεργητικών αλλά και μοριακών τεχνικών