Η Αικατερίνη Σκενδέρη είναι μέλος του Εργαστηριακού Διδακτικού Προσωπικού (ΕΔΙΠ) στο Τμήμα από το Νοέμβριο του 2000 και διδάσκει «Διατροφή και Μεταβολισμό Μακροσυστατικών και Μικροσυστατικών» καθώς και «Διαταραχές Ρύθμισης Ενέργειας και Μεταβολισμού» σε προπτυχιακό επίπεδο. Επίσης συμμετέχει σταθερά ως προσκεκλημένη εισηγήτρια σε μαθήματα μεταπτυχιακού προγράμματος σπουδών, όπως «Ειδικά Θέματα Μεταβολισμού της Διατροφής», «Εργοβιοχημεία και Μεταβολισμός» και «Αθλητική Διατροφή».